36協定の残業上限をわかりやすく解説 特別条項・休日労働・産業医面談・過労死ラインまで
お知らせ
「36協定を結べば残業は何時間でもさせられる」と誤解している経営者や労務担当者の方は少なくありません。
実際には、36協定を締結していても時間外労働には法律上の上限があり、これを超えると罰則の対象になります。本稿では、36協定の基本的な仕組みから特別条項、休日労働の扱い、産業医による面接指導、過労死ラインとの関係までを整理し、あわせて2026年9月から予定されている労働基準監督署の指導運用の見直しについてもご紹介します。
1. 36協定とは
労働基準法では、労働時間の原則を1日8時間・週40時間と定めています（法定労働時間）。
これを超えて労働者に時間外労働や休日労働をさせるためには、事業場の過半数労働組合または過半数代表者との間で「時間外労働・休日労働に関する協定」、いわゆる36協定を締結し、所轄の労働基準監督署に届け出る必要があります。
36協定を締結・届出せずに法定労働時間を超えて働かせることは、それ自体が労働基準法違反となります。
2. 時間外労働の上限（原則と特別条項）
2019年の働き方改革関連法の施行により、時間外労働の上限は罰則付きで法律に明記されました。
原則は月45時間・年360時間ですが、臨時的な特別の事情がある場合に限り、労使が「特別条項」を締結することで、この限度時間を超える残業が可能になります。
ただし特別条項を付けた場合でも、次の上限を超えることはできません。
| 区分 | 時間外労働の上限 | 補足 |
| 36協定の原則（限度時間） | 月45時間・年360時間 | 休日労働は含まない |
| 特別条項付き36協定 | 年720時間以内（休日労働を含まない） | 臨時的な特別の事情がある場合に限る |
| 特別条項の単月上限 | 月100時間未満（休日労働を含む） | 1か月でも超えると法違反 |
| 特別条項の複数月平均 | 2〜6か月平均で月80時間以内（休日労働を含む） | 直近の連続する月で判定 |
| 月45時間超の回数 | 年6回まで | 特別条項を適用できる回数の上限 |
これらの上限を1つでも超えると、6か月以下の拘禁刑（懲役）または30万円以下の罰金の対象となり得ます。
特別条項はあくまで「臨時的」な対応のための制度であり、恒常的に上限近くまで残業させることを前提にした運用は、労基署の是正指導の対象になりやすい点に注意が必要です。
3. 休日労働の扱い
36協定には「時間外労働」に関する条項とは別に、「休日労働」に関する条項があります。法定休日（週1日または4週4日）に労働させる場合は、この休日労働の条項に基づく協定と割増賃金（原則35％以上）の支払いが必要です。
注意したいのは、月45時間・年360時間という原則の上限や、特別条項の年720時間という上限には休日労働の時間は含まれない一方、特別条項における「単月100時間未満」「複数月平均80時間以内」の上限には休日労働の時間も合算される点です。
時間外労働だけを見て「45時間以内だから大丈夫」と判断すると、休日労働を合算した実際の労働時間が100時間や80時間の基準を超えてしまうケースがあるため、集計の際は両者を分けて把握したうえで、上限判定の場面では正しく合算する必要があります。
4. 産業医による面接指導
労働安全衛生法では、長時間労働による健康障害を防ぐため、一定の時間外・休日労働を行った労働者に対して医師（産業医）による面接指導を実施することを事業者に義務付けています。目安は次のとおりです。
・ 時間外・休日労働が月80時間を超え、疲労の蓄積が認められ、本人から申出があった場合：面接指導の実施義務
・ 時間外・休日労働が月100時間を超えた新技術・新商品等の研究開発業務従事者：本人の申出の有無にかかわらず面接指導の実施義務
・ 高度プロフェッショナル制度の対象者：健康管理時間が一定を超えた場合、申出の有無にかかわらず面接指導の実施義務
面接指導の結果、産業医から就業上の措置（労働時間の短縮、配置転換等）について意見が出された場合、事業者はその意見を勘案し、必要な措置を講じる義務があります。
産業医を選任していない従業員50人未満の小規模事業場では、地域産業保健センターの活用が可能です。
5. 過労死ラインとの関係
脳・心臓疾患の労災認定基準では、発症前1か月におおむね100時間、または発症前2〜6か月間にわたって月平均80時間を超える時間外労働がある場合、業務と発症との関連性が強いと評価されます。これがいわゆる「過労死ライン」です。
特別条項の単月100時間未満・複数月平均80時間以内という上限は、この過労死ラインと同水準に設定されており、法律上の上限を守ることが、そのまま労働者の健康確保に直結する仕組みになっています。
実務上は、時間外労働の絶対数だけでなく、労働時間の把握方法（打刻の正確性、みなし労働時間制の運用等）や、長時間労働が続いた際の面談・休養の実施状況もあわせて点検することが重要です。
6. 【最新情報】労基署の一律指導、9月から見直しへ
厚生労働省は2026年8月19日、労働基準監督署が行ってきた時間外労働に関する指導の運用を、同年9月から見直すと発表しました。
これまで労基署は、特別条項付き36協定により月100時間未満まで残業が可能な企業に対しても、実際の時間外労働を一律に月45時間以内に抑えるよう指導してきましたが、この一律指導を取りやめます。
見直し後は、企業が36協定で定めた健康確保措置（面接指導の実施、代償休日の付与等）を実際に行っているかどうかを重点的に確認する方針に転換し、過重労働による健康障害の恐れが高い場合には引き続き厳しく指導するとしています。あわせて、36協定や特別条項の締結を支援する専門相談窓口を全国の働き方改革推進支援センターに設置するとのことです。
ここで注意していただきたいのは、今回変わるのはあくまで労基署の窓口指導・監督の運用であり、労働基準法が定める上限規制（年720時間・単月100時間未満・複数月平均80時間以内・月45時間超は年6回まで）そのものが緩和されたわけではないという点です。
特別条項付きの36協定を締結している企業にとっては、届出上可能な残業時間の枠は従来どおりであり、法律上の上限を超えれば罰則の対象となる点に変わりはありません。
むしろ今後は、健康確保措置の実施状況が指導の焦点になることから、面接指導の実施記録や代償休日の付与状況など、健康確保措置に関する社内の記録整備がこれまで以上に重要になるといえます。
7. 企業が取り組んでおきたいポイント
・ 36協定・特別条項の内容を、実際の労働実態と照らして毎年見直す
・ 時間外労働と休日労働を分けて集計し、特別条項の上限（単月100時間未満・複数月平均80時間以内）を月次で確認する
・ 月45時間・月80時間・月100時間を超えた従業員を早期に把握できる仕組みを整える
・ 36協定に定めた健康確保措置（産業医面接、代償休日、深夜業の回数制限等）を実際に運用し、記録を残す
・ 固定残業代を導入している場合は、固定時間を超えた分の残業代が別途正しく支払われているか確認する
